Paolo Prodi è professore emerito di Storia moderna nell'Università di Bologna. Si è laureato in Scienze Politiche presso l'Università Cattolica di Milano, dopo aver vinto una borsa di studio presso il Collegio Augustinianum, per poi perfezionare gli studi presso l'Università di Bonn.

Ha insegnato Storia moderna presso l'Università di Trento (di cui è stato rettore dal 1972 al 1977, nonché preside della Facoltà di Lettere dal 1985 al 1988), l'Università di Roma e l'Università di Bologna (della cui Facoltà di Magistero è stato preside dal 1969 al 1972). È stato Presidente della Giunta Storica Nazionale (già Giunta Centrale per gli Studi Storici) fino al 3 ottobre 2012, giorno del suo 80 compleanno. È membro dell'Accademia Austriaca delle Scienze e dell'Accademia Nazionale dei Lincei.

È stato tra i fondatori dell'Associazione di cultura e politica "Il Mulino" (fondata nel 1965). Nel 1973 ha fondato, insieme a Hubert Jedin (di cui è stato allievo), l'Istituto storico italo-germanico di Trento, istituto che ha diretto per oltre un ventennio. Nel 2007 è stato insignito del Premio Alexander von Humboldt.