Dopo essere entrato nella Compagnia di Gesù, nel 1995 è stato ordinato presbitero.
Ha conseguito:

• 1985: laurea in astronomia all'università di Córdoba (Argentina).
• 1995: laurea in teologia all'Università Gregoriana.
• 1996: laurea in filosofia all'università di El Salvador conseguita nella sede di Buenos Aires.
• 2000: dottorato di ricerca in astronomia all'Università di Padova.
• Nel 2000 è entrato come ricercatore alla Specola Vaticana occupandosi di studio della cinematica e la dinamica dei dischi delle galassie, formazione delle stelle. Dal 19 agosto 2006 è succeduto a padre George Coyne alla direzione della stessa istituzione.

É uno specialista in astronomia extragalattica. Il suo campo di ricerca include la cinematica e la dinamica delle galassie a disco e la formazione stellare nelle galassie vicine. Per la tesi di dottorato ha studiato le proprietà cinematicne del componente del gas ionizzato nelle regioni interne delle galassie a disco. L'analisi delle linee di emissione per ogni galassia ha permesso l'identificazione di galassie che sono buone candidate per ospitare un buco nero supermassiccio, che nel paradigma standard sono ritenuti essere quasi ubiqui nei centri galattici. Ha studiato le correlazioni tra masse di buchi neri supermassicci e le proprietà globali delle galassie a disco. Attualmente studia uno dei problemi principali dell'Astrofisica, la comprensione della formazione delle galassie. In questo processo, la storia del tasso di formazione stellare nell'universo riveste un ruolo molto importante. Funes è membro dell'équipe che sta conducendo un'indagine di imaging profondo utilizzando il Telescopio vaticano in Arizona. Questi dati, in congiunzione con le osservazioni GALEX (Galaxy Evolution Explorer, uno dei telescopi spaziali della NASA) forniranno informazioni dettagliate sulle distribuzioni della formazione stellare locale in termini di tipi di galassie, luminosità, ambienti interstellari, e fornire test critici della metodologia utilizzata nella costruzione della storia del tasso di formazione stellare nell'universo locale. Studia inoltre la formazione stellare nelle galassie satellitare ed ellittiche con scie di polvere. La formazione e l'evoluzione di galassie early-type non è ancora stata compresa completamente. Lo studio della distribuzione del gas ionizzato e delle proprietà della formazione stellare nelle galassie ellittiche potrebbe far luce sul processo di formazione delle galassie early-type.